농지 현물출자 양도세 — 작년까지 면제였는데 올해는 왜 아닌가

1 요약

농지를 농업법인에 현물출자할 때 붙던 양도소득세 100% 감면이 없어졌습니다. 2025년 12월 23일 개정으로 근거 조문이 삭제됐고, 2026년 1월 1일부터 시행되고 있습니다. 대신 이월과세가 적용됩니다.

둘은 이름만 다른 것이 아닙니다. 감면은 세금이 없어지는 것이고, 이월과세는 미뤄지는 것입니다. 미뤄진 세금은 나중에 그 법인이 농지를 팔 때 법인세로 냅니다.

그리고 부칙에 경과조치가 있습니다. 2025년 12월 31일까지 현물출자한 분은 종전 감면 규정을 그대로 적용받고, 2026년 1월 1일 이후 출자분부터 이월과세입니다. 날짜 하나로 구조가 갈립니다.

지금 검색해 보면 「농지를 출자하면 양도세 면제」라고 적힌 글이 여전히 많습니다. 개정 전에 쓰인 글입니다.

2 상세

2.1 면제와 이월과세는 무엇이 다른가

감면은 세금을 지우고, 이월과세는 세금을 옮깁니다. 이 한 줄이 이 글의 중심입니다.

감면은 그 시점에 계산된 양도소득세를 깎아 주는 것입니다. 깎인 세금은 사라집니다. 대신 한도가 있습니다. 「조세특례제한법」 제133조가 양도소득세 감면의 종합한도를 두고 있어서, 감면받을 수 있는 금액에 상한이 걸립니다.

이월과세는 다릅니다. 땅을 넘긴 농업인에게는 그때 양도소득세를 매기지 않습니다. 대신 그 땅을 받은 법인이 나중에 그 땅을 팔 때, 농업인이 넘기던 시점을 기준으로 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 냅니다. 세금의 크기가 줄어드는 것이 아니라 내는 사람과 시점이 옮겨지는 구조입니다.

그래서 유불리가 상황마다 갈립니다. 법인이 그 농지를 계속 보유하며 농사에 쓸 계획이라면 납부 시점이 멀어지는 것이 도움이 될 수 있습니다. 반대로 몇 해 안에 팔 계획이 있다면, 미뤄 둔 세금이 그때 한꺼번에 나타납니다.

2.2 2025년 12월 31일과 2026년 1월 1일

날짜 하나가 구조를 가릅니다. 부칙 제37조와 제38조가 그 선을 그었습니다.

부칙 제37조 제1항과 제38조 제1항은 이 법 시행 전에 현물출자함으로써 발생한 소득에 대해서는 종전 규정에 따른다고 정합니다. 시행일이 2026년 1월 1일이므로, 2025년 12월 31일까지 현물출자를 마친 분은 종전의 감면 규정을 그대로 적용받습니다.

그리고 각 조 제2항이 새 이월과세 규정은 이 법 시행 이후 현물출자하는 경우부터 적용한다고 정합니다.

기준은 현물출자 시점입니다. 법인을 언제 세웠는지가 아니라, 그 땅을 법인에 넘긴 때가 언제인지를 봅니다.

이미 넘기신 분에게는 이 개정이 소급하지 않습니다. 지난 일이 뒤집히는 것이 아니라 앞으로의 선택이 달라지는 것입니다.

2.3 영농조합법인과 농업회사법인, 지금은 어떻게 다른가

세제 면에서는 같아졌습니다.

종전에는 갈렸습니다. 영농조합법인 쪽은 제66조 제4항부터 제6항까지가, 농업회사법인 쪽은 제68조 제2항이 각각 농지·초지 현물출자에 대한 감면을 정하고 있었습니다.

이번 개정으로 양쪽 감면 조항이 모두 삭제됐습니다. 그리고 제68조 제3항이 제66조 제7항 각 호를 그대로 가져다 쓰는 구조로 바뀌면서, 두 법인 모두 같은 이월과세 규정을 적용받게 됐습니다.

다만 농업회사법인 쪽에는 조건이 하나 더 붙어 있습니다. 제68조 제3항은 「「농지법」 제2조제3호에 따른 농업법인으로 한정한다」고 적고 있습니다. 농지법 제2조 제3호는 농업회사법인을 업무집행권을 가진 자 중 3분의 1 이상이 농업인인 법인으로 정의합니다. 이 요건을 갖추지 못하면 이월과세 자체를 적용받을 수 없습니다.

이것은 지분율과는 다른 축입니다. 출자표와 임원 명부는 다른 종이입니다. 지분 요건을 맞췄더라도 임원 구성이 어긋나 있으면 이 조문이 말하는 「농업법인」에 해당하지 않습니다.

2.4 넣은 뒤 3년 — 주식을 팔면 세금이 돌아온다

이월과세는 받고 끝이 아닙니다. 제66조 제9항이 사후관리를 정하고 있고, 농업회사법인도 제68조 제3항 후단이 이를 준용합니다.

현물출자로 받은 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하면, 미뤄 두었던 이월과세액을 양도소득세로 납부해야 합니다. 납부 기한은 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내입니다.

그리고 제10항이 이자상당액을 가산한다고 정합니다. 미뤄 둔 기간에 대한 이자가 붙는다는 뜻입니다. 구체적인 계산 방법은 대통령령에 위임돼 있으므로, 실제 금액은 시행령과 관할 세무서에서 확인해야 합니다.

여기에 실무에서 놓치기 쉬운 자리가 있습니다. 3년이라는 기간이 농지가 아니라 주식에 걸려 있다는 점입니다. 땅은 법인이 계속 갖고 있어도, 출자자가 자기 지분을 정리하면 조문의 요건에 닿습니다. 가족 사이에 지분을 옮기거나 자금이 필요해 일부를 넘기는 경우가 여기에 해당할 수 있습니다.

2.5 법인이 그 농지를 팔 때

이월과세의 종착점입니다. 법인이 그 농지를 양도하면, 농업인이 종전에 그 부동산을 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간을 기준으로 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 냅니다.

이때 함께 봐야 할 것이 있습니다. 개인에게 적용되는 감면이 법인에 그대로 적용되지는 않습니다. 8년 이상 자경한 농지를 개인이 팔 때 적용되는 「조세특례제한법」 제69조의 자경농지 양도소득세 감면은 농지 소재지에 거주하는 거주자를 대상으로 하는 조문입니다.

그러니 개인으로 계속 보유하며 파는 길과 법인에 넣는 길은 세금 구조가 처음부터 다릅니다. 둘을 같은 선에 놓고 비교하려면 그 차이를 먼저 세워야 합니다.

2.6 올해 말 일몰과 개편안 — 지금 확정된 것만

이월과세 규정에도 기한이 있습니다. 제66조 제7항과 제68조 제3항 모두 「2026년 12월 31일 이전에 … 현물출자하는 경우」로 적혀 있습니다. 현행 조문 기준으로 올해 말까지입니다.

2026년 8월에 발표된 세제개편안에 이 이월과세를 상시 과세특례로 전환한다는 내용이 담겼다는 보도가 있습니다. 다만 세제개편안은 아직 법이 아닙니다. 국회 의결과 공포를 거쳐야 효력이 생깁니다. 발표된 내용이 그대로 확정될지, 언제부터 적용될지는 지금 단정할 수 없습니다.

확정된 것과 논의 중인 것을 섞어서 판단하지 않는 편이 안전합니다. 지금 확정돼 있는 것은 둘입니다. 2026년 1월 1일부터 이월과세가 적용되고 있다는 것, 그리고 현행 조문의 기한이 2026년 12월 31일이라는 것입니다.

3 반론·확장

이 개정을 손해로만 볼 것은 아닙니다. 이월과세에는 제133조 종합한도 같은 상한이 조문에 별도로 붙어 있지 않습니다. 감면에는 한도가 있었습니다. 땅의 규모가 커서 감면 한도를 넘어서던 경우라면, 이월과세 쪽이 당장의 부담을 더 넓게 미뤄 줄 수 있습니다.

반대로 규모가 크지 않아 종전 감면 한도 안에서 정리되던 경우라면, 없어지던 세금이 미뤄지는 세금으로 바뀐 셈입니다.

그래서 어느 쪽이 유리하다고 일반화할 수 없습니다. 땅의 규모, 법인이 그 농지를 얼마나 오래 보유할지, 출자자가 지분을 언제까지 유지할 수 있는지에 따라 결과가 달라집니다. 구체적인 세액은 세무 전문가와 함께 계산해 보셔야 합니다.

확인이 필요한 것이 하나 더 있습니다. 제66조 제7항과 제68조 제3항은 모두 「대통령령으로 정하는 농업인」을 대상으로 합니다. 누가 여기에 해당하는지는 시행령이 정하므로, 자경 기간이나 거주 요건 같은 세부 자격은 시행령 조문과 관할 세무서에서 확인하셔야 합니다. 이 글에서는 시행령 요건을 단정하지 않습니다.

4 질문과 답변 (QnA)

Q. 작년에 농지를 법인에 넘겼습니다. 이번 개정으로 세금이 달라지나요?

A. 아닙니다. 부칙 제37조 제1항과 제38조 제1항이 이 법 시행 전에 현물출자함으로써 발생한 소득에 대해서는 종전 규정에 따른다고 정하고 있습니다. 시행일이 2026년 1월 1일이므로 2025년 12월 31일까지 마친 출자는 종전 감면 규정을 적용받습니다.

Q. 감면이 없어졌다면 이제 세금을 바로 내야 하나요?

A. 그렇지 않습니다. 감면 대신 이월과세가 적용됩니다. 농업인이 넘기는 시점에는 양도소득세를 내지 않습니다. 다만 세금이 사라진 것이 아니라, 법인이 그 농지를 팔 때 법인세로 내는 구조로 옮겨진 것입니다.

Q. 영농조합법인은 아직 면제가 된다고 들었습니다.

A. 현행 조문에서는 그렇지 않습니다. 제66조 제4항부터 제6항까지가 2025년 12월 23일자로 삭제됐고, 제66조 제7항 제1호에 농지와 초지가 들어가면서 영농조합법인도 이월과세를 적용받습니다. 개정 전에 쓰인 글이 검색에 아직 많이 남아 있어 혼동이 생기기 쉬운 자리입니다.

Q. 법인이 그 땅을 안 팔면 세금을 영영 안 내는 건가요?

A. 조문은 법인이 그 부동산을 양도하는 경우에 법인세로 납부하도록 정하고 있습니다. 다만 출자자가 받은 주식이나 출자지분의 100분의 50 이상을 출자일부터 3년 이내에 처분하면 그때 이월과세액을 양도소득세로 납부해야 하므로, 땅을 팔지 않아도 납부 사유가 생길 수 있습니다.

Q. 3년이 지나면 완전히 자유로운가요?

A. 제66조 제9항의 3년은 주식·출자지분 처분에 따른 납부 사유를 정한 기간입니다. 그 기간이 지나면 이 조항에 따른 납부 사유에는 해당하지 않습니다. 다만 이월과세 자체가 없어지는 것은 아니어서, 법인이 그 농지를 양도할 때의 납부 의무는 남습니다.

Q. 지분이 10%만 있어도 현물출자를 받을 수 있나요?

A. 출자 한도와 농지 소유 자격은 다른 축입니다. 제68조 제3항은 이월과세 대상 법인을 「농지법」 제2조제3호에 따른 농업법인으로 한정하는데, 그 조문은 농업회사법인을 업무집행권을 가진 자 중 3분의 1 이상이 농업인인 법인으로 정의합니다. 지분율이 아니라 임원 구성을 보는 요건입니다.

Q. 올해 안에 서두르는 편이 좋을까요?

A. 현행 조문의 기한이 2026년 12월 31일인 것은 맞습니다. 다만 기한이 있다는 사실과 지금 결정하는 것이 유리하다는 것은 다른 이야기입니다. 이월과세는 세금이 없어지는 것이 아니라 미뤄지는 것이고, 3년 사후관리도 함께 붙습니다. 기한을 이유로 서두르기보다, 법인이 그 농지를 어떻게 쓸 것인지를 먼저 정하고 세무 전문가와 계산해 보시는 편이 안전합니다.

Q. 세제개편안에서 상시화된다고 하던데요?

A. 2026년 8월 발표된 세제개편안에 그런 내용이 담겼다는 보도가 있습니다. 다만 개편안은 국회 의결과 공포를 거쳐야 법이 됩니다. 확정 전까지는 현행 조문, 즉 2026년 12월 31일 기한을 기준으로 보시는 것이 맞습니다.

5 출처

• 「조세특례제한법」 제66조·제68조·제69조·제133조 (법률 제21223호, 2025. 12. 23. 공포 / 2026. 1. 1. 시행) — 법제처 국가법령정보센터
• 「조세특례제한법」 부칙 제1조·제37조·제38조 (법률 제21223호) — 법제처 국가법령정보센터
• 「농지법」 제2조 제3호 (농업법인의 정의) — 법제처 국가법령정보센터

최종 사실 확인: 2026-09-02

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글 위키스튜디오 · 최초 작성 2026-09-02 · 최종 수정 2026-09-02